El primero de los recorridos, Amistades inmortales, propone un acercamiento a las relaciones sentimentales y políticas entre personas del mismo sexo que, desde la Antigüedad, han permanecido mitificadas en la historia del arte y en la literatura como punto de partida para la creación de una identidad alternativa autorizada por la Historia.
El segundo, Perseguir los deseos, aborda la persecución que tanto los artistas como las obras de arte sufrieron a lo largo de la historia tanto por su identidad personal como por su contenido o iconografía, en cuanto visibilizaban relaciones o identidades fuera de los imperativos morales de su época. Algunos de ellos, como Botticelli o Leonardo, fueron sometidos a juicios mientras que otros artistas ejercieron de verdugos contra los primeros. La misma fortuna aconteció a numerosas obras de arte que fueron encriptadas o conducidas al ostracismo por lo que revelaban visualmente.
El cuerpo y su imagen articulan el tercero de los recorridos: Engañosas apariencias. La desobediencia a lo normativo del cuerpo se manifiesta en representaciones históricas, con ejemplos clave en la colección, como el Hermafrodito o las mujeres barbudas de Ribera y Sánchez Cotán, a los que se añaden ejemplos de travestismo o intercambio de roles de género.
Amar como los dioses, el último de los recorridos, agrupa una serie de obras de carácter mitológico que representan las relaciones entre iguales en escenarios ajenos al mundo real y que fueron destinadas a espacios privados reservados a la mirada del poder: solo los poderosos podían contemplar, y protagonizado por dioses, lo que estaba prohibido a los mortales.
Además, dos obras excepcionales de la colección, El Cid de Rosa Bonheur y El maricón de la Tía Gila de Goya, completan este proyecto. Se trata de dos obras poco conocidas que visibilizan dos realidades complementarias de una artista y una iconografía claramente alusiva a los contenidos de este itinerario expositivo.